与自然妊娠一样，试管婴儿发生生化妊娠的原因也包括以下这些：
受精卵本身有缺陷：一般认为胚胎染色体异常可能是导致生化妊娠的主要原因。怀孕前三个月早期流产中，有超过50%的流产原因是染色体异常。除非是胚胎植入前筛选（俗称第三代试管），否则常规的试管婴儿技术并不能从外观上鉴别出是否染色体异常。
卵巢黄体功能不全：黄体不好，导致黄体酮分泌不足，子宫内膜异常，影响受精卵在子宫内的着床。试管婴儿常规黄体支持，但由于药物吸收等个体差异，是否黄体支持对所有准妈妈都是剂量适中，目前仍不知道。
子宫因素：子宫发育不良、子宫内膜菲薄，子宫粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连、子宫内膜结核等影响着受精卵的着床。由于试管婴儿代价高昂，有发现这些异常子宫因素建议胚胎移植前尽量处理好，为胚胎宝宝提供一个理想的环境。
外界因素影响：吸烟（包括吸二手烟）、饮酒、接触化学性毒物、严重的噪声和震动、情绪异常激动、高温环境等，可导致胎盘和胎儿损伤，造成流产。
疾病病毒：女性朋友怀孕前后体内出现感染，高热、病毒、败血症等感染会对卵子和受精卵宝宝造成影响，影响其发育，会造成流产。所以，孕前必要的体育运动，增加身体素质十分重要。