近亲结婚的患病风险，是指近亲结婚的夫妇生育患有常染色体隐性遗传病子女的风险。每个人大约有2.5万个基因，这些基因一半来自父亲，另一半来自母亲，就是说，每个子女与父母之间的基因有1/2可能相同，所以同胞兄弟姐妹之间的基因则也有1/2可能相同。而爷孙、叔侄、舅甥等之间则有1/4可能相同。同理，表兄妹、堂兄妹等之间则有1/8可能相同，所以近亲婚配的后代就可能获得相同的致病基因从而导致常染色体隐性遗传疾病的发生。
近亲婚配使子女中得到这样一对纯合基因型的概率，称为近婚系数 (IF)，近婚系数随致病基因等位基因数目不同而变化。下表所列是不同等级的近亲婚配类型的近婚系数和子女的患病风险：
由上表可见，近亲结婚的情况下，双方从共同祖先那里继承同一致病基因的机会就会大大增加，这样，他们所生子女患有常染色体隐性遗传病的机会也就大大增加，亲缘系数越大，风险越高，这种风险往往要比非近亲结婚者高几倍、几十倍，甚至上百倍。我国近亲结婚的类型多属于亲表亲结婚。下表给出了几种病在随机婚配和表兄妹婚配的情况下的发病率以及近亲婚配发病率增高的倍数。

此外，近亲婚配后代的早期死亡率和畸形率也高，国际卫生组织有关资料表明：近亲婚配所生婴儿死亡率比非近亲婚配所生婴儿死亡率高3倍，20岁以前死亡率高8倍，患合并症畸形的比例高3倍，患小儿畸形的比例高18.3倍。此外，近亲婚配还会带来体质下降，体重减轻，发育不良，生殖能力低，对疾病的抵抗能力低，智商低，身高变矮等。