遗传因素是自然流产最常见的原因，特别是早期妊娠流产。染色体异常包括患者夫妇染色体异常和胚胎染色体异常。

夫妇染色体异常 正常人群中染色体异常的发生率为0.5%，复发性流产患者夫妇一方出现染色体异常的发生率为2%-8%。

胚胎染色体异常 据统计，40%-55%的自然流产与胚胎染色体相关。流产发生时间越早，胚胎染色体异常发生率越高。

内分泌异常造成流产的比例约为12%-15%，主要为妇科内分泌异常，如黄体功能不全、多囊卵巢综合征、高泌乳素血症等，其他严重的内分泌紊乱也可导致流产，如糖尿病、甲状腺功能亢进或甲状腺功能减退等。

子宫解剖异常导致的复发性流产约占12%-15%。子宫先天畸形包括子宫纵膈、单角子宫、双角子宫及双子宫等，这些都容易导致流产。粘膜下肌瘤、靠近宫腔内膜的肌壁间肌瘤、内膜息肉也是流产的原因。

因宫腔操作导致的严重宫腔粘连不利于胚胎着床，也有可能导致流产。这些因素导致的流产大多数为中晚期流产或早产。

女性生殖道感染和全身感染均可引起散发的自然流产。引起流产的生殖道感染包括：阴道炎（如细菌性阴道病）、子宫颈炎（如沙眼衣原体或淋病奈瑟菌感染）、子宫肌炎和盆腔炎等。

近年研究表明，免疫紊乱、血栓前状态均可导致复发性流产。

免疫因素分：

自身免疫型：比如抗磷脂抗体、抗核抗体、抗可提取性核抗原、抗精子抗体、血型抗体、透明带抗体等、甲状腺球蛋白抗体等；

同种免疫型（目前处于研究阶段）：分固有免疫异常（自然杀伤细胞数量和活力异常、巨噬细胞功能异常、树突状细胞功能异常、补体系统异常等）和获得性免疫异常（封闭抗体缺乏、T/B淋巴细胞异常、细胞因子异常）。

血栓前状态（即易栓症）根据发病原因分为遗传性和获得性两种。

遗传性PTS是指各种抗凝血因子或纤溶活性基因缺陷而导致易于血栓形成的一类遗传性疾病。遗传性PTS包括抗凝蛋白（蛋白C、蛋白S、抗AT）缺陷症、遗传性高同型半胱氨酸血症、凝血酶原基因突变等。

获得性血栓前状态主要包括磷脂综合征、获得性高同型半胱氨酸以及各种易于导致血栓形成的结缔组织病如系统性红斑狼疮、病程较长且病情控制不良的高血压、糖尿病、慢性肾病、长期卧床等。