很容易理解，胚胎移植的难易程度和临床结局密切相关。如果胚胎移植过程困难，会显著降低胚胎移植后的临床妊娠率和继续妊娠率。一项研究通过对4807例胚胎移植的结局分析发现，胚胎移植过程容易的女性临床妊娠率要比移植困难的女性高1.7倍。

移植过程困难可能会刺激子宫收缩，促进子宫释放前列腺素和催产素影响胚胎着床。如果移植过程时间长，需要多次尝试反复进出移植管、需要更换材质更硬的移植管，或在移植时需要额外的工具（比如宫颈钳），常常提示移植困难。通常见于宫颈管曲折狭窄，或子宫过度前倾/后屈的女性。