半数以上的患者病因不明，主要分为生理性和病理因素所致。

生理性：随着年龄增加，卵巢中卵母细胞会通过闭锁过程自发性、渐进性减少。出生时卵母细胞的数量约100~200万，青春期下降至30~50万，37岁时下降至2.5万，直至卵母细胞的耗竭出现绝经。

女性最佳的生育时机是18-35岁，这段时期是卵巢功能最强盛的时期，随着年龄增加，生育力逐渐下降，出现生理性卵巢储备功能降低，在35岁以后下降尤其明显。

病理因素：包括遗传因素、医源性因素、免疫因素、其他因素等导致卵巢功能减退。

遗传因素：

X染色体异常  最常见的异常核型：45，XO及其嵌合型，X染色体长臂或短臂缺失）及相关基因异常，候选基因包括BMP15、PGRMC1、FOXO4、POF1BD等。

常染色体异常及相关基因异常  生殖内分泌功能相关基因：FSHR、CYP17、ESR1等；卵泡发生相关基因：NOBOX、FIGLA、GDF9等；减数分裂和DNA损伤修复相关基因：MCM8、MCM9、CSB-PGBD3等。

医源性因素：

手术引起卵巢组织缺损或局部炎症，放疗、化疗诱导卵母细胞凋亡或破坏颗粒细胞功能。

免疫性因素：

部分患者存在多种自身免疫性抗体，如抗卵巢抗体、抗核抗体、抗透明带抗体、抗心磷脂抗体等，或伴有自身免疫性疾病，如桥本甲状腺炎、类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等。卵巢的自身免疫反应可破坏卵巢，导致成熟前卵泡闭锁，卵子退化。

其他因素：

吸烟、环境污染、环境毒物、不良生活作息及工作压力，长期紧张、焦虑、抑郁，也是卵巢功能下降的危险因素。